![]() Molecola del Mese di David S. Goodsell trad di Mauro Tonellato |
Proteina Attivatore di Cataboliti |
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Molecola del Mese di Dicembre 2003 ![]() I batteri amano lo zucchero. In particolare, i batteri amano il glucosio che è facilmente digeribile e può essere rapidamente trasformato in energia chimica. Quando il glucosio è abbondante, i batteri ignorano gli altri alimenti che si trovano nel loro ambiente e si nutrono solo con il loro cibo favorito. Ma, quando il glucosio scarseggia, cambiano atteggiamento e mettono in moto gli strumenti necessari per utilizzare altre fonti di energia.
Leggere il Messaggio Trovare un Appiglio ![]() La CAP attrae la RNA polimerasi (mdm 4-2003) sul DNA, stimolando la trascrizione dei geni che si trovano vicino a quel punto. La RNA polimerasi (gialla, file PDB 1iw7) all'estremità superiore presenta due subunità (verdi) che interagiscono con la CAP. Queste subunità sono composte di due parti connesse da un braccio flessibile, mostrato con piccoli punti verdi. In questa struttura (file PDB 1iw7) si può vedere solo metà di ognuna di queste subunità. Mentre il file PDB 1lb2 contiene le altre parti di queste subunità della RNA polimerasi, legate strettamente alla CAP. Nella figura qui a lato, la CAP è mostrata in alto (blu) ed è legata ad un piccolo pezzo di DNA (rosso). Naturalmente, nelle cellule questo DNA, fa parte di una lunga catena. Le braccia flessibili permettono alla RNA polimerasi di raggiungere le regioni vicine del DNA e di iniziare la trascrizione. ![]() La CAP riconosce una specifica sequenza di DNA, legandosi solamente a speciali siti vicino ai geni coinvolti nella produzione di energia. Il riconoscimento è dovuto a interazioni tra amminoacidi della CAP e basi del DNA nella scanalatura principale. Nella figura qui a destra (file PDB 1cgp) si vedono due arginine (180 e 185) ed un acido glutammico (181) della CAP che arrivano a sfiorare le basi del DNA formando specifici legami idrogeno (trattini verdi). Osservate anche al centro la grande curvatura nel DNA in corrispondenza del paio di basi timina-adenina . La CAP interagisce anche con molti gruppi fosfato nella catena principale del DNA, rinforzando così il suo legame. Il DNA illustrato qui ha un'interruzione in un punto chiave della catena principale (asterisco). Se volete, potete vedere come la CAP interagisce con questo sito esaminando un'altra struttura nel file PDB 1j59. ![]() A. Kolb, S. Busby, H. Buc, S. Garges and S. Adhya (1993): Transcriptional regulation by cAMP and its receptor protein. Annual Review of Biochemistry 62, pp. 749-795. S. Busby and R. H. Ebright (1999): Transcription activation by catabolite activator protein. Journal of Molecular Biology 293, pp. 199-213. |