Per seguire questa esercitazione dovete naturalmente avere già scaricato il programma MDL Chime 2.6 al seguente indirizzo:
http://www.mdli.com/chime/
e dovete averlo già installato sul vostro computer.
Se avete installato Chime con successo, qui sotto dovreste vedere un riquadro nero che contiene una proteina, la mioglobina, rappresentata come wireframe, cioè con sottili filamenti.
Chime offre molte opzioni per rappresentare la molecola in molti modi diversi e questo permette di apprezzarne la struttura sia a livello complessivo sia a livello dei singoli atomi.
Per imparare ad utilizzare Chime provate a seguire questo semplice esercizio.

Mioglobina
1) Trascinate il mouse premendo il pulsante sinistro per ruotare la mioglobina
2) Premendo shift + pulsante sinistro potete ingrandirla o rimpicciolirla
3) Premendo shift + pulsante destro potete ruotarla attorno all'asse perpendicolare allo schermo
4) Premendo Ctrl + pulsante destro potete trascinarla sullo schermo
5) Premendo pulsante destro compare il menù principale. Scegliete Display e poi provate tutte le opzioni: Sticks, Ball and Stick, Spacefill - Van der Waals. Per eliminare dalla vista le molecole di acqua che appaiono come palline rosse, scegliete Select - Hetero - Water, poi Select - Hide - Hide selected. Provate anche le opzioni di display sottostanti che sono attive solo con proteine, DNA ed RNA.
6) Dopo avere scelto l'opzione Cartoons, scegliete Color - Structure. Vedrete le sei zone ad alfa elica della mioglobina colorate di porpora (fig. 1), se ci fossero porzioni beta pieghe sarebbero gialle.

7) Scegliete ora Select - Hetero - Ligand e poi Display - Spacefill - Van der Waals. Vedrete il "ligand" cioè l'eme comparire rappresentato con grosse sfere bianche. Ora scegliete Color - CPK e vedrete ogni atomo dell'eme assumere un colore convenzionale: C (grigio), N (blu), O (rosso), Fe (giallo), ecc. L'ossigeno O2 trasportato dalla mioglobina è legato al ferro nel centro dell'eme ed è visibile come due sfere rosse (fig. 2).
8) Il gruppo eme può anche essere apprezzato così: scegliete Select - Hetero - Ligand e poi Display - Ball & Stick, poi scegliete Option - Dot surface - Van der Waals. Vedrete un'immagine suggestiva degli atomi dell'eme e dello spazio che occupano (fig. 3).
9) Scegliete ora Select - Residue - HIS e poi Display - Sticks. Vedrete comparire i residui (amminoacidi) di istidina HIS. Scegliete Color - Structure e vedrete due istidine color porpora, proprio vicine al ferro dell'eme, una sopra e una sotto il piano. Sono le istidine vicinale e distale, che difendono il ferro dai veleni più insidiosi: il monossido di carbonio e il cianuro. Osservate come i due atomi di ossigeno di O2 sono legati obliquamente sull'eme e non interferiscono con la struttura della istidina vicinale (fig. 4).
Prima di continuare, deselezionate Option - Dot surface - Van der Waals, poi scegliete Select - Select all, poi ancora Display - Wireframe, siete tornati alle condizioni iniziali.
10) Scegliete ora Select - Protein - Protein e poi Display - Spacefill - Van der Waals e poi Color - Monochrome. La proteina appare ora come una massa compatta bianca. Notate che presenta una cavità. Scegliete ora Select - Hetero - Ligand, e poi Display - Ball & Stick, e poi Color - CPK. L'eme diventa visibile incastrato all'interno della proteina (fig. 5).
11) Scegliete infine Display - Spacefill - Van der Waals. Ruotate e ingrandite la proteina per apprezzare meglio come sia stretto la spazio disponibile per l'ingresso e l'uscita dell'ossigeno dalla molecola (fig. 6). La mioglobina reale, però, non è ferma e rigida come appare in questo modello, ma si espande e si contrae come una spugna sotto l'azione dell'agitazione termica degli atomi che la compongono. L'ossigeno molecolare può quindi entrare, raggiungere il ferro dell'eme e poi uscire dalla proteina con relativa facilità.

2^ Esercitazione Chime

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