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Software libero di chimica

Permette di:
Disegnare molecole e reazioni da inserire in relazioni e dispense.
Creare i modelli tridimensionali delle molecole per capirne la struttura e le proprietà.
Attribuire la nomenclatura IUPAC ad una molecola.
Calcolare gli orbitali molecolari, la struttura 3D, l'energia e la reattività sia delle molecole che degli intermedi di reazione utilizzando le equazioni fondamentali della quantomeccanica.
Calcolare lo spettro IR di una molecola e quindi aiuta ad interpretare gli spettri IR sperimentali assegnando ad ogni picco la corrispondente oscillazione della molecola.
Calcolare lo spettro NMR di una molecola e quindi aiuta ad interpretare gli spettri NMR.
Vedere i modelli 3D di proteine, RNA e DNA, che così possono essere indagati nei dettagli e meglio compresi.
Eseguire il docking molecolare peri calcolare le interazioni tra proteina e legando e capire come i farmaci interagiscono con le loro proteine bersaglio.













Chemsketch
Disegna molecole in 2D e le trasforma in 3D
Assegna il nome IUPAC


Chemsketch (distribuito gratuitamente dalla ACD Labs) è il programma più semplice ed immediato per disegnare molecole e generare il loro nome IUPAC (se sono composte da meno di 50 atomi.
Fornisce anche alcuni dati sulla molecola disegnata come peso molecolare, composizione percentuale, formula bruta, indice di rifrazione, densità, tensione superficiale, ecc.

Ma questo è solo il primo passo...
Permette di generare il modello tridimensionale ottimizzato della molecola (vedi foto qui a lato) e di modificare lunghezze e angoli di legame, come pure angoli di torsione e configurazioni R/S!

https://www.acdlabs.com/resources/free-chemistry-software-apps/chemsketch-freeware/

Provate ad usare Chemsketch in classe!
(Lezione di Chimica al Computer con Chemsketch)

La dispensa Nomenclatura IUPAC oltre a spiegare nei dettagli la nomenclatura, è una guida per imparare ad usare Chemsketch per imparare meglio la nomenclatura.

Nomenclatura IUPAC












ISIS Draw 2.5 ServicePack4 (perfetto con Win7, funziona anche con Win10 e 11)
Disegna molecole
in 2D
Tra i molti programmi per disegnare molecole in 2D, forse il migliore è ISIS Draw 2.5 (gratuito!) distribuito da MDL. Si tratta di un programma completo ed efficace che permette in pochi secondi di disegnare molecole anche complesse dall'aspetto professionale per inserirle in dispense o appunti personali. (vedi foto qui a lato).
Nelle dispense di pianetachimica, tutte le molecole sono state disegnate con ISIS Draw
Dato che ISIS Draw, da vari anni, non è più distribuito da MDL, lo potete scaricare qui:

ISIS Draw 2.5

N.B. Isis Draw può essere usato con Windows 7, 10 e 11 a patto di impostare la compatibilità con WinXP (pulsante destro - proprietà - compatibilità - Win XP)
Con Widows 7 funziona perfettamente.
Con Windows 10 e 11 funziona bene a patto di NON usare il pulsante A che serve ad assegnare il tipo di atomo alle varie posizioni di una molecola. Se si preme il pulsante A, il programma va in crash.
Per inserire un atomo si deve usare il pulsante destro del mouse e scegliere l'atomo nella finestra che si apre.
Questo perchè il pulsante A richiama la funzione Help che è stata abolita per motivi di sicurezza a partire da Windows 8.
Isis Draw è ottimo per disegnare molecole anche con Win 10 e 11 a patto di introdurre gli atomi nelle molecole usando il pulsante destro del mouse (e di non premere MAI il pulsante A).

BioviaDraw
Disegna molecole in 2D
Assegna il nome IUPAC
https://www.3dsbiovia.com/products/collaborative-science/biovia-draw/

E' la nuova versione di ISISDraw compatibile con Windows 10 e 11. E' un buon programma, compatibile con i vecchi file di ISISDraw, ma, a mio avviso, è peggiore della vecchia versione.
E' distribuito gratuitamente per insegnanti e studenti.







ArgusLab 4.0
Disegna e ottimizza molecole in 3D,
mostra gli orbitali molecolari, calcola le energie di formazione

Con questo ottimo programma distribuito (gratuitamente) da Mark Thompson della Planaria Software, è possibile sia creare sia importare molecole per esaminarle in 3 dimensioni con un'ottima qualità grafica.

http://www.arguslab.com

Inoltre sono disponibili delle funzioni avanzate di calcolo per l'ottimizzazione tridimensionale delle molecole, per il calcolo della superficie degli orbitali HOMO e LUMO che permettono di indagare la reattività della molecola (vedi foto qui a lato).

 





 

 



MGL Tools e AutoDock Vina

MGL Tools http://mgltools.scripps.edu/downloads
AutoDock Vina http://vina.scripps.edu/download.html

MGL Tools è un programma di modellistica molecolare ideale per le proteine. E' anche ideale per elaborare le proteine e i legandi prima di eseguire il docking molecolare con AutoDock Vina. Permette inoltre di valutare i risultati del docking. E' stato sviluppato al MGL Molecular Graphic Laboratory dello Scripps Research Institute

AutoDock Vina è il programma di docking molecolare più usato al mondo. E' stato sviluppato dal
Dr. Oleg Trott del The Scripps Research Institute. E' un programma molto avanzato che sfrutta al massimo la potenza di calcolo delle macchine multiprocessore e consente non solo di esplorare le varie configurazioni del legando, ma può anche trattare come flessibili i residui degli amminoacidi del sito attivo.




 



Avogadro 1.2

https://avogadro.cc/
Avogadro è un programma di modellistica molecolare che permette di costruire molecole organiche anche complesse, di calcolarne la struttura più stabile con tecniche di meccanica molecolare come UFF e MMFF94 e fornisce anche immagini di ottima qualità grafica. Permette inoltre di aggiungere idrogeni alle molecole ottenendo diversi gradi di protonazione in funzione del pH scelto.
Avogadro può essere usato insieme con programmi di chimica computazionale come ORCA
(o Gaussian, a pagamento)
e così permette di ottimizzare le molecole anche con metodi quantomeccanici avanzati, calcolare energia e forma degli orbitali molecolari, calcolare le frequenze di assorbimento IR, valutare gli stati di transizione delle reazioni ecc. Davvero notevole!

ORCA

(https://orcaforum.kofo.mpg.de/app.php/portal)
Pacchetto software open-source per eseguire calcoli avanzati di chimica quantistica sulle molecole.
La sua interfaccia grafica naturale è Avogadro.
Distribuito gratuitamente per scopi didattici da un gruppo del Max Plank Institute.

Nel Forum di ORCA è possibile scaricare una versione aggiornata di Avogadro dedicato ad ORCA.






Chimera
https://www.cgl.ucsf.edu/chimera/
UCSF Chimera è un ottimo programma per visualizzare e analizzare la struttura di molecole e macromolecole. E' adatto anche a visualizzare il risultati del docking molecolare. Permette di generare immagini di grande qualità grafica con una buona resa di luci, ombre, riflessi e colori. Nel sito ufficiale si trova una galleria di immagini e una documentazione completa, nonchè alcuni tutorial. Può essere usato gratuitamente per uso personale o didattico.
Molte delle immagini delle molecole del mese sono state realizzate con Chimera




gNMR 4.1
Realizza spettri NMR
simulati
Questa è la versione più vecchia del programma gNMR, ma è più semplice ed immediato da usare rispetto alla nuova versione 5.06 (vedi qui sotto).
L'autore del programma, il prof. Budzelaa, mi ha autorizzato a distribuirlo direttamente precisando che lui NON intende più sostenerlo o fornire assistenza per questa vecchia versione.
Il programma è scaricabile direttamente dal link qui sotto
Per generare lo spettro, è necessario disegnare prima la molecola con Isis Draw e poi importare il file generato (.skc) in gNMR. (File / Import / MDL-SKC). L'unica funzione che non è inclusa nell versione demo è il copia e incolla degli spettri che così non si possono esportare direttamente in altri programmi (per esempio Word).
Questo problema si supera facilmente premendo il pulsante "stampa schermo" sulla tastiera del computer. L'immagine dello schermo si può incollare in programmi di grafica come l'ottimo Irfanview (free) che consente di ritagliare lo spettro con la funzione Edit \ Crop selection.

gNMR 4.1 si può scaricare QUI premendo il pulsante destro del mouse sul seguente link:

gNMR 4.1 download

gNMR 5.06
Realizza spettri NMR simulati

La spettroscopia NMR è una tecnica molto potente per l'indagine strutturale di molecole organiche. Purtroppo però uno strumento NMR ha un costo così elevato che è fuori dalla portata di una scuola superiore.
Gli studenti possono esercitarsi con la spettroscopia NMR usando gNMR 5.06 (gratuito!), di P.H.M. Budzelaar e distribuito dalla Ivorysoft, un programma che calcola lo spettro NMR di una molecola assegnata. Nella foto qui a lato si può vedere lo spettro del 2-butanolo. Rispetto alla precedente versione 4.1 il programma è ora utilizzabile gratuitamente per la didattica nella sua versione completa. E' stata migliorata l'accuratezza di previsione dei chemical shift.

http://home.cc.umanitoba.ca/~budzelaa/gNMR/gNMR.html

http://home.cc.umanitoba.ca/~budzelaa/gNMR/gNMR-license.html

Durante l'installazione del programma viene chiesto il numero di serie, utilizzare N500-011292-715.
Per generare lo spettro, è necessario disegnare prima la molecola con Isis Draw e poi importare il file generato (.skc) in gNMR. (File / Import / MDL-SKC).
N.B. : i gruppi ossidrili non vanno disegnati come OH ma come O-H con il legame esplicitato. Così pure per i gruppi amminici, ecc.
Per vedere una raccolta di spettri NMR generati con gNMR vai a Spettroscopia NMR.



Orbital Viewer
Mostra gli orbitali di atomi e molecole
Con questo programma si possono rappresentare tutti gli orbitali atomici per meglio comprenderne la forma e anche la struttura interna compresi i nodi. Si possono inoltre avvicinare due o più atomi fino ad ottenere molecole.
Il programma è disponibile gratuitamente al sito:

http://www.orbitals.com/orb/ov.htm

 



Biovia Discovery Studio Visualizer
Visualizza le molecole in 3D
Tra i programmi che permettono di vedere e manipolare le molecole in tre dimensioni, va segnalato anche Biovia DS Visualizer (gratuito!!) che oltre alle molecole normali è particolarmente adatto a manipolare proteine, DNA e RNA.
DS Visualizer si rivela potente e flessibile nello scegliere ed evidenziare ogni parte della molecola, offre molte opzioni di visualizzazione e produce immagini di buona qualità grafica.
(Io preferisco, però, Chimera)

https://www.3dsbiovia.com/products/collaborative-science/biovia-discovery-studio/visualization.html

 








ChemOffice Professional
Disegna molecole in 2D, assegna il nome IUPAC,
calcola costanti chimico-fisiche, genera spettri NMR

Questo è un programma professionale che può essere provato gratuitamente per 15 giorni scaricandolo al sito:
http://www.cambridgesoft.com/Ensemble_for_Chemistry/ChemOffice/


Svolge le funzioni di più programmi gratuiti insieme: disegna come ISIS Draw, calcola le costanti chimico fisiche come Chemsketch (è più completo), assegna il nome IUPAC come Chemsketch, traccia lo spettro NMR come gNMR (è più preciso nella previsione dei corretti chemical shift).
Inoltre calcola la struttura 3D delle molecole, mostra gli orbitali molecolari, esegue calcoli quantomeccanici come ArgusLab.

 

 




HyperChem 8.0.10
Programma professionale di modellistica molecolare.
Ottimo programma della Hypercube, disegna le molecole in 3D, ottimizza la loro struttura tridimensionale calcolandone l'energia minima utilizzando metodi di meccanica quantistica, ricava lo spettro IR delle molecole e per ogni frequenza assorbita mostra un'animazione delle vibrazioni molecolari. Mostra tutti gli orbitali di una molecola, sia quelli di legame che di antilegame e in particolare consente di valutare la struttura degli orbitali HOMO e LUMO per meglio comprendere la reattività delle molecole. Fa anche calcoli di termodinamica e di cinetica delle reazioni. Disegna in pochi istanti sequenze di amminoacidi, di nucleotidi o di zuccheri. Ha ottime capacità di rendering e offre immagini di qualità fotografica.

Si può ottenere una copia gratuita del programma valida per 10 giorni collegandosi al sito:
http://www.hyper.com


 




Altri programmi interessanti

Spartan Wavefunction
ottimo programma professionale di modellistica molecolare simile a Hyperchem. Usa metodi quantomeccanici avanzati e calcola spettri IR, spetri NMR, stati di transizione di reazioni e molto altro. Dispone di un database molto vasto con cui confrontare gli spettri calcolati.

MestreNova
Permette di calcolare uno spettro NMR simulato di una molecola a piacere
Permette di trasformare un segnale FID prodotto da uno strumento di acquisizione di spettri NMR in uno spettro NMR leggibile applicando la Trasformata di Fourier.

Crocodile Chemistry
simula un intero laboratorio chimico e permette di realizzare centinaia di reazioni ed esperienze di laboratorio e di seguirle osservando le variazioni di pH, temperatura, composizione, ecc.

Swiss PDB Viewer un altro ottimo visualizzatore di macromolecole (proteine, DNA) in formato Pdb. E' del tutto gratuito.

ConceptDraw Office v8
Disegna impianti chimici industriali.

Gaussian Programma di chimica computazionale professionale. Ottimizza le molecole con tutte le tecniche disponibili, calcola spettri IR, Calcola forma ed energia degli orbitali MO, Calcola lo stato di transizione e l'energia durante la reazione, esegue simulazioni di dinamica molecolare

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