MGL Tools è un programma open-source di modellistica molecolare ideale per le proteine (anche se dal punto di vista grafico programmi come Chimera danno immagini più brillanti).
MGL Tools è anche ideale per elaborare le proteine e i legandi per prepararli al docking molecolare con AutoDock Vina e permette inoltre di valutare i risultati del docking.
E' stato sviluppato al MGL Molecular Graphic Laboratory dello Scripps Research Institute

MGL Tools: http://mgltools.scripps.edu/downloads

AutoDock Vina è il programma di docking molecolare più usato al mondo. E' stato sviluppato dal
Dr. Oleg Trott del The Scripps Research Institute. E' un programma open-source molto avanzato che sfrutta la potenza di calcolo delle macchine multiprocessore e consente non solo di esplorare le varie configurazioni del legando, ma può anche trattare come flessibili i residui degli amminoacidi del sito attivo.

AutoDock Vina: http://vina.scripps.edu/download.html

Queste lezioni mostrano come si possono usare MGL Tools e Autodock Vina in aula informatica.

Lezioni di Chimica al Computer
con MGL Tools e Autodock Vina

Struttura delle Proteine

Proteine e Legandi

Docking su COX2

Progettare Nuovi Farmaci