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Indice 2010 |
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La "Molecola del Mese" non è stata concepita
per diventare un indice completo delle molecole presenti nel PDB, e
nemmeno vuol essere un archivio storico. Le strutture usate per illustrare
ogni pubblicazione sono scelte a discrezione dell'autore della "Molecola
del Mese" prof. David S. Goodsell.. |
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Cristalline Luglio 2010 Mentre leggiamo queste righe, la luce proveniente dallo schermo viene messa a fuoco nei nostri occhi da una lente, il cristallino, che è costituito da una soluzione concentrata di proteine cristalline. Il cristallino è fatto di cellule allungate che, nelle fasi iniziali del loro sviluppo, si sono riempite di proteine cristalline e poi si sono lasciate morire espellendo il nucleo e i mitocondri e lasciando solo una soluzione liscia e trasparente di proteine. Da questo momento e per tutta la nostra vita utilizziamo queste proteine per vedere. [Leggi l'articolo . . .] |
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EGF,
Fattore di Crescita Epiteliale Giugno 2010 Le nostre cellule comunicano costantemente tra loro per negoziare il trasporto e l'uso delle risorse e per decidere quando crescere, quando fermarsi, quando morire. Spesso questi messaggi sono portati da piccole proteine come il fattore di crescita epiteliale EGF mostrato in rosso qui a destra dal file PDB 1egf. Il fattore EGF è un messaggero che dice alle cellule di crescere. E' rilasciato dalle cellule che si trovano in un'area di crescita attiva e viene catturato dalla stessa cellula che l'ha prodotto o dalle sue vicine e ne stimola la mitosi, cioè la divisione cellulare. Il fattore EGF è catturato da un recettore EGF sulla superficie cellulare che in seguito rilascia un messaggio di segnalazione all'interno della cellula, stimolando alla fine i processi che portano alla divisione cellulare per mitosi e quindi alla crescita. [Leggi l'articolo . . .] |
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Concanavalina
A: Permutazione Circolare Aprile 2010 L'evoluzione è una grande manipolatrice: quando trova un progetto di successo, lo usa ancora e ancora introducendo, se possibile, variazioni e miglioramenti. Gli esempi di questo tipo sono moltissimi. La maggior parte dei mammiferi ha quattro zampe che hanno assunto le forme più diverse e che si sono evolute in braccia e gambe e persino in pinne e ali. La maggior parte delle piante sono coperte di foglie, che hanno assunto forme molto diverse, da quella ad ago delle conifere a quella a lamina espansa delle latifoglie. Anche nella struttura e nella sequenza delle proteine troviamo grandi diversità generate da variazioni. Le proteine, in generale, si evolvono attraverso una lenta mutazione di singoli amminoacidi, ma si possono anche evolvere attraverso cambiamenti più grandi che coinvolgono interi tratti proteici quando i geni delle proteine vengono tagliati e riassemblati in un nuovo ordine. [Leggi l'articolo . . .] |
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Glicoproteina
P Marzo 2010 L'ambiente è pieno di sostanze tossiche che possono attaccare le nostre cellule. Queste si difendono in molti modi. In alcuni casi usano enzimi per trasformare le molecole dannose in modo da renderle innocue. In altri casi sequestrano i composti pericolosi togliendoli di mezzo. Infine le cellule possono costruire delle pompe specializzate ad individuare le molecole velenose ed espellerle all'esterno della membrana cellulare. [Leggi l'articolo . . .] |
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Ribosoma
70S Gennaio 2010 I ribosomi sono una delle meraviglie del mondo cellulare che potete esplorare visitando gli archivi PDB. Nell'anno 2000, i biologi strutturali V. Ramakrishnan, T. Steitz e A. Yonath hanno reso disponinili nel PDB le prime strutture di subunità ribosomiali. Nel 2009 hanno vinto il premio Nobel per questo lavoro. Oggi sono disponibili le strutture di molte altre molecole coinvolte nella sintesi proteica, compresi gli RNA-transfer e i fattori di allungamento. A partire da queste strutture sono state ricostruite centinaia di strutture di ribosomi interi che rivelano i dettagli atomici di molti dei passaggi della sintesi proteica. [Leggi l'articolo . . .] |