Molecola del Mese
di David S. Goodsell
e di Mauro Tonellato
Virus Dengue
Indice 2008

 PianetaChimica

Esplorando la Struttura
Per studiare i vari aspetti del ciclo vitale del virus dengue è stata utilizzata la microscopia crioelettronica .
Per esempio, per ottenere la struttura qui a fianco, dapprima si è ottenuta un'immagine del virus a bassa risoluzione con la microscopia crioelettronica, una tecnica non abbastanza dettagliata per mostrare gli atomi. Poi la struttura atomica di ogni singola catena proteica è stata inserita nel modello 3D a bassa risoluzione per ottenere la struttura finale.
L'immagine qui a lato è stata ottenuta assemblando l'unità ripetente costituita da solo tre catene di proteina involucro legate all'anticorpo Fab, file PDB 2r6p (49 Kb), fino ad ottenere la struttura completa, file PDB 2r6p_bio (2,5 Mb). La proteina involucro (bianca) è assemblata in 180 unità e costituisce la superficie del virus, è legata a molti frammenti di anticorpo Fab (blu) legati alle proteine involucro virali.
Analizzando attentamente questa struttura, i ricercatori hanno scoperto che gli anticorpi distorcono l'assetto delle proteine involucro, bloccando il loro normale meccanismo di infezione.

Altre strutture di virus dengue mostrano forme immature del virus come, ad esempio, il file PDB 1n6g (30 Kb) con solo l'unità ripetente, oppure il file PDB 1n6g_bio (1,5 Mb) completo.
Esistono anche strutture che includono alcune porzioni più interne del rivestimento virale che poi si distribuiscono sulla membrana come il file PDB 1p58 con solo l'unità ripetente, oppure il file PDB 1p58_bio (2,1 Mb) completo.

Queste figure sono state create con Jmol e RasMol (Chime) (vedi Chimica al Computer). Anche voi potete creare immagini simili seguendo questa procedura: cliccate sui codici di accesso PDB qui sopra per scaricare il file compresso (zip) della proteina, decomprimetelo e poi lanciatelo con Internet Explorer. Se avete installato Chime, potrete vedere le immagini in 3 dimensioni e scegliere nel menù Display le opzioni di visualizzazione che desiderate.
Per vedere alcune delle pubblicazioni utilizzate per scrivere questa Molecola del Mese, cliccate qui.
Un elenco di tutte le strutture collegate con "Virus Dengue" presenti negli archivi PDB fino al 23 giugno 2008 è disponibile qui.


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