Esplorando la Struttura
I protozoi parassiti che provocano la malaria, durante una fase del ciclo di infezione, utilizzano la fermentazione lattica per ottenere la maggior parte della loro energia. I ricercatori stanno cercando dei farmaci per bloccare la lattato deidrogenasi nel tentativo di attaccare questi parassiti e fermare l'infezione. Le due figure mostrate qui in basso e a destra (dal file PDB 1cet) sono di una lattato deidrogenasi del parassita Plasmodio della malaria che ha legato quattro molecole di clorochina nei quattro siti attivi.

La figura qui a lato è un ingrandimento della porzione in alto a sinistra della figura precedente. In questa figura sono visibili solo gli amminoacidi che abbracciano la molecola di clorochina e la legano nel sito attivo.
Si tratta di 26 Val (valina), 52 Phe (fenilalanina), 53 Asp (acido aspartico), 54 Ile (isoleucina), 85 Tyr (tirosina), 100 Phe, 119 Ile, 122 Glu (acido glutammico). Come si vede sono prevalentemente amminoacidi apolari che interagiscono con la parte apolare della clorochina. L'acido aspartico in alto nella figura, invece, interagisce con un atomo di azoto (in azzurro) della clorochina.
Questa immagine è stata ottenuta dal file PDB 1cet_sito attivo , anche voi potete esaminare il sito attivo in modo tridimensionale cliccando sul link qui sopra, ma dovete aver installato CHIME (vedi Chimica al Computer).

La clorochina, uno dei farmaci più utilizzati per trattare la malaria, ha anche un altro bersaglio, oltre al sito attivo della lattato deidrogenasi. Si pensa che blocchi la via insolita che il parassita utilizza per nutrirsi nel sangue. I ricercatori stanno studiando anche molte altre molecole anti-malariche che colpiscono la lattato deidrogenasi, come quelle mostrate nei file PDB 1t24, 1t25 e in altre strutture simili.

Queste figure sono state create con RasMol (Chime) (vedi Chimica al Computer). Anche voi potete creare immagini simili seguendo questa procedura: cliccate sui codici di accesso PDB qui sopra per scaricare il file compresso (zip) della proteina, decomprimetelo e poi lanciatelo con Internet Explorer. Se avete installato Chime, potrete vedere le immagini in 3 dimensioni e scegliere nel menù Display le opzioni di visualizzazione che desiderate.

Per vedere alcune delle pubblicazioni utilizzate per scrivere questa Molecola del Mese, cliccate qui.
Un elenco di tutte le strutture collegate con "Lattato Deidrogenasi" presenti negli archivi PDB fino al 14 maggio 2008 è disponibile qui.

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