Esplorando la Struttura
Il contatto adesivo tra due catene proteiche di caderina si realizza quando una tirosina di una catena si lega all'interno di una tasca dell'altra catena. Il punto di contatto è mostrato qui utilizzando il file PDB 1l3w. Notate i tre ioni calcio (verdi) legati tra i due domini che rendono rigida l'intera struttura. Se vorrete esplorare questa interazione da soli, scoprirete che il file PDB 1l3w è interessante da esaminare per la bella presenza degli ioni calcio e degli amminoacidi di tirosina, ma è composto di una sola catena. Qui a destra, artificialmente, ne sono state mostrate due utilizzando un'operazione di simmetria grafica al computer.

Nel file PDB 1nci, invece, (vedi figura in basso a destra) sono incluse le porzioni terminali di due catene di caderina e quindi è più facile osservare come queste interagiscano, però qui mancano gli ioni calcio.




Come si può vedere nell'immagine qui sopra a sinistra, l'amminoacido tirosina possiede un anello a sei atomi e un gruppo ossidrile in alto, legato all'anello.

E' interessante notare che le due catene di caderina (mostrate in rosso e in verde qui a lato) interagiscono tra loro avvicinando un amminoacido di tirosina su una catena ad uno di triptofano sull'altra catena (il triptofano è composto di due anelli fusi insieme, uno da sei e uno da cinque atomi).
Nell'immagine qui a lato, ottenuta dal file PDB 1nci, si vede, sulla sinistra, che è proprio il triptofano della catena verde coi suoi due anelli che si infila in una tasca nella catena rossa per avvicinarsi all'anello rosso della tirosina.
Questa interazione si ripete in modo simmetrico nella catena verde sulla destra.

Per vedere alcune delle pubblicazioni utilizzate per scrivere questa Molecola del Mese, cliccate qui.

Un elenco di tutte le strutture collegate con "Caderina" presenti negli archivi PDB fino al 27 febbraio 2008 è disponibile qui.

Molecola del Mese - Indice completo