Esplorando la Struttura
Le molecole di siRNA prodotte dall'enzima Dicer sono facili da riconoscere: hanno tutte la stessa lunghezza di 21 paia di basi e hanno un'insolita coda di due nucleotidi che sporge da ciascuna estremità 3'. La struttura mostrata qui sopra in azzurro (file PDB 1si3), è il dominio PAZ usato da molte proteine per riconoscere le due terminazioni del siRNA. Nella proteina è legato un breve tratto di siRNA rappresentato con piccole sfere colorate. Notate, in alto a sinistra, come le due basi sporgenti si legano all'interno di una piccola tasca della proteina, mentre la base terminale della catena più corta, sulla destra, si appoggia esattamente sotto una sporgenza della proteina. Nell'immagine qui a destra è rappresentata la stessa struttura.


Queste figure sono state create con RasMol (Chime) (vedi Chimica al Computer). Anche voi potete creare immagini simili seguendo questa procedura: cliccate sui codici di accesso PDB qui sopra per scaricare il file compresso (zip) della proteina, decomprimetelo e poi lanciatelo con Internet Explorer. Se avete installato Chime, potrete vedere le immagini in 3 dimensioni e scegliere nel menù Display le opzioni di visualizzazione che desiderate.

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Un elenco di tutte le strutture collegate con "Breve RNA Interferente" presenti negli archivi PDB fino al 30 gennaio 2008 è disponibile qui.

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