Molecola del Mese di David S. Goodsell e Mauro Tonellato

Ossidosqualene Ciclasi

Indice 2007

Esplorando la Struttura
Nelle due strutture qui sopra sono illustrati l'inizio e la fine della reazione di ciclizzazione. Per realizzare le due immagini, però, sono stati utilizzati due enzimi leggermente diversi, uno batterico, l'altro umano.
Il file PDB 1ump, mostrato sulla sinistra, rappresenta l'enzima batterico squalene ciclasi che lega nel sito attivo una forma modificata di squalene. Notate come l'enzima obblighi la lunga molecola di squalene (bianca) ad assumere una forma a zig zag. In questo modo la catena assume la configurazione ideale perchè un amminoacido di acido aspartico (riconoscibile per i due ossigeni rossi) possa iniziare una cascata di reazioni che lega insieme alcune coppie di atomi di carbonio della lunga catena idrocarburica fino a formare i quattro anelli della struttura finale. La molecola di acido aspartico in alto nella figura viene attivata da una istidina, anche questa visibile in alto con il suo piccolo anello che contiene due atomi di azoto (blu).
Il file PDB 1w6k, mostrato sulla destra, rappresenta l'enzima umano ossidosqualene ciclasi che conserva ancora il prodotto finale della reazione, il lanosterolo, legato nel sito attivo. Anche questo enzima utilizza un amminoacido di acido aspartico per catalizzare la reazione, ma qui l'attivazione è operata da due cisteine (riconoscibili per lo zolfo giallo) invece che da una istidina.

Queste figure sono state create con RasMol (Chime) (vedi Chimica al Computer). Anche voi potete creare immagini simili seguendo questa procedura: cliccate sui codici di accesso PDB qui sopra per scaricare il file compresso (zip) della proteina, decomprimetelo e poi lanciatelo con Internet Explorer. Se avete installato Chime, potrete vedere le immagini in 3 dimensioni e scegliere nel menù Display le opzioni di visualizzazione che desiderate.

Per vedere alcune delle pubblicazioni utilizzate per scrivere questa Molecola del Mese, cliccate qui.

Un elenco di tutte le strutture collegate con "Ossidosqualene Ciclasi" presenti negli archivi PDB fino al 27 novembre 2007 è disponibile qui.

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