Molecola del Mese
di David S. Goodsell
e Mauro Tonellato
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Molecola del Mese di David S. Goodsell e Mauro Tonellato |
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Esplorando
la Struttura
L'enzima Cu/Zn Superossido Dismutasi che contiene ioni rame e zinco (file PDB
2sod) è estremamente efficiente.
Alcuni ricercatori hanno calcolato che una collisione su dieci tra il radicale
superossido e l'enzima porta ad una reazione. Questo è molto più
di quanto ci si aspettasse perchè il sito attivo dell'enzima occupa solo
una piccola parte della superficie della proteina e quindi si potrebbe pensare
che la maggior parte delle collisioni con il superossido avvengano in qualche
altro punto della superficie e non nel sito attivo. La forma e le caratteristiche
del sito attivo, però, ci possono dare una spiegazione di tanta efficienza.
Il sito attivo ha una forma ad imbuto e gli ioni rame e zinco (mostrati
in verde) sono posti sul fondo dell'imbuto. La forte carica positiva
di questi ioni metallici insieme con la carica positiva di due amminoacidi vicini
(una lisina e un'arginina colorate in blu) può costringere il radicale
superossido, negativo (mostrato in rosso), ad entrare nell'imbuto.
Queste figure sono state create con RasMol (Chime)
(vedi Chimica
al Computer). Anche voi potete creare immagini simili seguendo questa
procedura: cliccate sui codici di accesso PDB qui sopra per scaricare il file
compresso (zip) della proteina, decomprimetelo e poi lanciatelo con Internet
Explorer. Se avete installato Chime, potrete scegliere nel menù Display
le opzioni di visualizzazione che desiderate.
Per vedere alcune delle pubblicazioni utilizzate per scrivere questa Molecola
del Mese, cliccate qui.
Un elenco di tutte le strutture collegate con "Superossido
Dismutasi" presenti negli archivi PDB fino al 26 settembre 2007 è
disponibile qui.
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