Molecola del Mese
di David S. Goodsell
Trad. di Mauro Tonellato

Dimeri di Timina
Indice 2007

PianetaChimica

Esplorando la Struttura
La maggior parte degli enzimi DNA Polimerasi copiano con molta fatica i dimeri di timina o di citosina. L'enzima mostrato sulla sinistra, dal file PDB 1rys, è un'eccezione: è specializzato nel leggere il DNA danneggiato. Il suo sito attivo è un po' più largo del normale così può facilmente adattarsi alla struttura rigida e piegata del dimero di timina. D'altra parte questo sito attivo così aperto rende l'enzima anche più propenso a commettere errori di lettura.
Un tipico enzima DNA Polimerasi come quello mostrato sulla destra, dal file PDB 1sl2, avvolge più strettamente il DNA e, per questo, compie pochissimi errori di lettura. Di contro, ha molta difficoltà nel leggere le basi danneggiate, infatti lavora 3000 volte più lentamente del normale quando deve leggere un dimero di timina.

Queste figure sono state create con RasMol (Chime) (vedi Chimica al Computer). Anche voi potete creare immagini simili seguendo questa procedura: cliccate sui codici di accesso PDB qui sopra per scaricare il file compresso (zip) della proteina, decomprimetelo e poi lanciatelo con Internet Explorer. Se avete installato Chime, potrete scegliere nel menù Display le opzioni di visualizzazione che desiderate.

Per vedere alcune delle pubblicazioni utilizzate per scrivere questa Molecola del Mese, cliccate qui.
Un elenco di tutte le strutture collegate con "Dimeri di Timina" presenti negli archivi PDB fino al 29 giugno 2007 è disponibile qui.


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