Dita di Zinco

Esplorando la Struttura
Cercando negli archivi PDB proteine che contengano dita di zinco, c'è il rischio di perdersi tra le migliaia di strutture che possiedono dita di zinco dalla forma strana: a nocche, a chiave di violino, a nastro o anche con altri avvolgimenti dai nomi fantasiosi.
La struttura mostrata qui sulla sinistra, dal file PDB 1znf, è un esempio semplice di dito di zinco. Poichè la struttura è molto piccola, solo 25 amminoacidi, non serve mostrare ingrandimenti della porzione chiave della proteina.
Nella parte bassa si trovano le due cisteine mostrate in giallo. La catena prosegue verso l'alto dove con un'ansa si ripiega a destra e inizia a formare un'alfa elica che scende in basso. Lungo l'alfa elica si trovano le due istidine mostrate in blu. Le due cisteine e le due istidine si legano attorno allo ione zinco (verde) formando un tetraedro. L'interazione con lo ione zinco costringe la catena a ripiegarsi su sè stessa formando una struttura compatta e stabile a forma di dito. Poco sopra lo zinco una fenilalanina e una leucina (in grigio) sono affacciate tra loro e formano il cuore idrofobico di questo piccolo avvolgimento. Gli altri amminoacidi hanno le catene laterali rivolte verso l'esterno e possono svolgere compiti diversi.
Nelle proteine che legano il DNA, gli amminoacidi in cima all'alfa elica sono usati per il riconoscimento delle basi azotate. Questo caso è illustrato nella figura sulla destra, dal file PDB 1zaa. Questa struttura contiene tre dita di zinco legate al DNA. Gli amminoacidi mostrati in rosso si estendono verso il DNA e leggono la sequenza delle basi azotate, questo particolare lo si può vedere ancora meglio nella figura in basso dove il DNA è stato rimosso. Anche qui si nota la struttura ripiegata attorno allo zinco, un vero e proprio "dito di zinco".

Queste figure sono state realizzate con RasMol (Chime). Anche voi potete creare immagini simili cliccando sui codici di accesso PDB qui sopra e scaricando il file compresso (zip) della proteina. Dopo averlo decompresso lanciatelo con Internet Explorer, se avete installato Chime, vedrete la proteina in forma tridimensionale. A questo punto scegliete una delle opzioni nel menù Display.

Per vedere le pubblicazioni usate per scrivere questo articolo, cliccate qui.
Una lista di tutte le strutture che contengono dita di zinco presenti negli archivi PDB fino al 2 marzo 2007, è disponibile qui.

Molecola del Mese - Indice completo

PianetaChimica home