Molecola del Mese di David S. Goodsell Trad. di Mauro Tonellato

Autosplicing RNA

Indice 2005

Esplorando la Struttura
L'autosplicing RNA illustrato qui a fianco, dall'archivio PDB 1u6b, è stato colto nel mezzo della sua reazione di splicing. Nella figura, i due esoni sono mostrati in rosso e in blu, e parte dell'introne è mostrata in verde. Il resto dell'introne è stato omesso, mentre invece era visibile nella prima pagina di questa Molecola del mese.
All'inizio della reazione il filamento di RNA era continuo. L'ossigeno 3' terminale dell'esone (mostrato in rosso) era legato al gruppo fosfato evidenziato con un cerchio in alto. La catena dell'RNA si snoda dall'esone rosso, attraverso l'introne verde e fino all'esone blu. La struttura mostra la molecola dopo che il primo taglio è stato fatto. Il GTP ha interrotto la catena tra l'introne e l'esone rosso, lasciando il GTP legato ad una estremità dell'introne. A questo punto, l'atomo di ossigeno 3' terminale dell'esone rosso si trova nella posizione ideale per attaccare il fosfato alla fine dell'esone blu (cerchiato più in basso). Quando quel legame sarà fatto, l'introne verde sarà rilasciato, e gli esoni rosso e blu saranno ricuciti insieme. La porzione più corta dell'introne mostrata qui è chiamata "sequenza guida" perchè fa allineare perfettamente i due esoni uno vicino all'altro.

Questa figura è stata creata con RasMol. Anche voi potete creare immagini simili cliccando sul codice di accesso qui sopra e scegliendo una delle opzioni nel menù View Structure.

Se osservate questa struttura da soli, vi conviene evidenziare le catene con colori diversi, in quanto la struttura complessiva è un po' confusa. Per orientarvi meglio, potete usare le seguenti indicazioni. L'esone colorato in rosso è la catena D e l'esone colorato in blu corrisponde ai residui 1-6 della catena C. La catena A è una proteina che è stata usata per facilitare la cristallizzazione, e tutto il resto (la catena B e la parte rimanente della catena C) è l'introne.

Un elenco di tutti gli autosplicing RNA presenti nel PDB fino al 27 aprile 2005 è disponibile qui.
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