Molecola del Mese
di David S. Goodsell
Trad. di Mauro Tonellato
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Molecola del Mese di David S. Goodsell Trad. di Mauro Tonellato |
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Il
Ciclo di Pompaggio
La pompa del calcio subisce
una serie di trasformazioni durante il processo di pompaggio. Sono state proposte
quattro fasi diverse, e nel PDB attualmente esistono le strutture di due di queste
fasi. La struttura sulla sinistra, dall'archivio PDB 1iwo,
è lo stadio vuoto che presumibilmente ha ioni idrogeno legati nel sito
di trasferimento, anche se gli ioni H+
non si possono vedere nella struttura cristallina. La sua forma si modifica fino
a diventare la struttura sulla destra, dall'archivio PDB 1eul,
permettendo agli ioni calcio di entrare da sopra per sostituire gli ioni idrogeno
che escono nel citoplasma verso l'alto. Le ultime due fasi usano una molecola
di ATP per modificare la propria forma così il calcio viene rilasciato
verso il basso. In questo processo, uno ione fosfato è trasferito dall'ATP
ad un particolare amminoacido aspartato nella pompa, il numero 351, mostrato qui
in rosso. Come potete vedere, sia l'aspartato che il presunto sito di legame dell'ATP
(che deve essere vicino all'aspartato) si trovano a qualche distanza dal tunnel
attraverso il quale passa il calcio. Il cambiamento è controllato dai grandi
movimenti dei domini che legano l'ATP che premono o tirano la proteina, aprendo
o chiudendo il tunnel al momento opportuno.
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Pompa del Calcio
