Molecola del Mese di David S. Goodsell Trad. di Mauro Tonellato

Proteina Attivatore di Cataboliti

Indice 2003

Esplorando la Struttura
La CAP riconosce una specifica sequenza di DNA, legandosi solamente a speciali siti vicino ai geni coinvolti nella produzione di energia. Il riconoscimento è dovuto a interazioni tra amminoacidi della CAP e basi del DNA nella scanalatura principale. Questa figura, dall'archivio PDB 1cgp, mostra due arginine ed un acido glutammico della CAP che arrivano a sfiorare le basi del DNA formando specifici legami idrogeno. Osservate anche al centro la grande curvatura nel DNA in corrispondenza del paio di basi timina-adenina . La CAP interagisce anche con molti gruppi fosfato nella catena principale del DNA, rinforzando così il suo legame. Il DNA illustrato qui, dall'archivio PDB 1cgp, ha un'interruzione in un punto chiave della catena principale (mostrato con una stella). Se volete, potete vedere come la CAP interagisce con questo sito esaminando un'altra struttura, l'archivio PDB 1j59.

Un elenco di tutte le CAP presenti nel PDB fino al dicembre 2003, è disponibile qui.
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Per esplorare la CAP dal punto di vista della genomica, visitate la Proteina del Mese all'Istituto Europeo di Bioinformatica.

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