Molecola del Mese di David S. Goodsell Trad. di Mauro Tonellato

TRIPSINA

Indice 2003

Esplorando la Struttura
Come potete vedere esplorando il PDB, ci sono molti altri esempi di proteasi alla serina, che vengono sintetizzate per la digestione, l'attivazione di ormoni, la coagulazione del sangue, l'attivazione del sistema immunitario, e per molte altre funzioni. Queste hanno in comune un insolito insieme di amminoacidi progettato per aiutare il taglio delle proteine che è stato riscoperto più e più volte nel corso dell'evoluzione. Il cuore di questo meccanismo è un amminoacido serina che viene attivato da una istidina e da un acido aspartico. Insieme questi tre amminoacidi sono stati chiamati sistema a rilascio di carica. L'istidina e l'aspartato aiutano a rimuovere l'atomo di idrogeno dalla serina (colorato di bianco), questo rende la serina più reattiva al momento di attaccare la catena proteica bersaglio. Questa figura è stata creata usando l'archivio PDB 2ptc, che ha una proteina inibitrice (colorata di rosa) legata al sito attivo. Il sito di taglio in questo inibitore, qui colorato di verde, è tenuto abbastanza lontano da non essere tagliato nel modo in cui lo sarebbero la maggior parte delle proteine nella stessa posizione. Notate anche la lunga catena laterale dell'amminoacido lisina che si estende verso il basso e a destra dal sito di taglio (termina con un azoto blu), dove interagisce con un altro aspartato dell'enzima ( mostrato nell'angolo a destra in basso con gli ossigeni rossi). Attraverso questa interazione, la tripsina può tagliare nella posizione corrispondente al carbossile della lisina o dell'arginina.

Questa figura è stata creata con RasMol. Anche voi potete creare immagini simili cliccando sui codici di accesso in questa Molecola del Mese, e scegliendo una delle opzioni nel menù View Structure.

Un elenco di tutte le strutture di tripsina presenti nel PDB fino all'ottobre 2003, è disponibile qui.
Per ulteriori informazioni sulla tripsina e sulle altre proteasi alla serina, clicca qui.
Per esplorare la tripsina dal punto di vista della genomica, visita la rubrica Proteina del Mese all'European Bioinformatics Institute.

Indietro: I Pericoli delle Proteasi