Esplorando la Struttura

Negli archivi PDB ci sono le strutture di molti enzimi di restrizione. Qui è mostrato un altro esempio preso da Escherichia coli, EcoRV. La struttura in alto, presa dall'archivio PDB 1rva, mostra l'enzima legato ad un corto frammento di DNA. La freccia mostra il gruppo fosfato che sarà tagliato. La figura in basso, presa dall'archivio PDB 1rvc, mostra la struttura dopo che il DNA è stato tagliato. Poichè è stata inserita una molecola d'acqua, ora ci sono due atomi di ossigeno vicini, ma non legati tra loro, lì dove nel DNA intatto c'era un solo atomo di ossigeno legato.

In tutte e due le figure, la proteina è mostrata con una rappresentazione "backbone" cioè come un tubo sottile, mentre una delle due catene del DNA è colorata in verde. Queste figure sono state create con RasMol. Anche voi potete creare immagini simili cliccando sui codici di accesso PDB qui sopra, e poi scegliendo una voce nel menù "View Structure".

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