Molecola del Mese di David S. Goodsell Trad. di Mauro Tonellato

HIV-1 Proteasi

Indice 2000

Un Enzima Piccolo, ma Efficiente

L'HIV-1 proteasi è un enzima piccolo, composto di due catene proteiche identiche, ognuna lunga solo 99 amminoacidi. Le due catene sono unite per formare un lungo tunnel, ben visibile nella figura della pagina precedente e che qui sopra viene mostrato di lato, coperto da due "lembi" flessibili della proteina. Quando i lembi si aprono, l'enzima si può avvolgere attorno ad una catena proteica che viene chiusa e trattenuta strettamente all'interno del tunnel.
Il sito attivo si trova nella parte centrale del tunnel, dove una molecola d'acqua viene usata per rompere la catena proteica. Nella figura qui sopra l'enzima è visto dall'alto (il codice d'accesso PDB per questa struttura è 7hvp). Nelle due immagini sulla destra i lembi sono stati rimossi per mostrare il sito attivo. La figura di centro mostra un inibitore (verde) legato nel sito attivo che occupa una posizione simile a quella occupata dalla catena proteica. In queste strutture non ci possono essere proteine legate al sito attivo dell'HIV-1 proteasi, perchè le catene proteiche verrebbero tagliate prima di poter essere risolte. Per questo dobbiamo osservare come si legano gli inibitori per immaginare come le catene proteiche si legano all'enzima.
Notate come la catena dell'inibitore viene tenuta tesa e diritta attraverso il sito attivo. Nella figura di destra, l'inibitore è stato rimosso per poter vedere direttamente il sito attivo. Due amminoacidi di acido aspartico, contrassegnati da un asterisco, compiono il lavoro di catalisi, attaccando la catena proteica nel centro.

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