Esplorando la Struttura

Queste semplici DNA polimerasi hanno approssimativamente la forma di una mano. Entrambe provengono dai batteri: l'enzima sulla sinistra proviene da Escherichia coli, archivio PDB 1kln, e l'enzima sulla destra proviene da Thermus aquaticus, archivio PDB 1tau. L'enzima di E. coli è stato studiato in una versione troncata: la parte mancante, che non è presente in questa struttura PDB, è mostrata con un contorno verde. Lo spazio tra le "dita" e il "pollice" avrebbe proprio le dimensioni adatte ad ospitare la doppia elica del DNA. Ma, sorprendentemente, nell'enzima attivo il DNA viene legato nel "palmo della mano" . In queste figure, la catena madre è di colore porpora e la catena figlia è verde. L'enzima contiene tre siti attivi diversi. Il sito polimerasi, vicino alla cima in queste figure, sintetizza la nuova catena aggiungendo i nucleotidi.
Il sito 5'-3' esonucleasi, vicino al centro nella DNA polimerasi di E. coli, corregge le nuove basi appena aggiunte. La DNA polimerasi di Thermus aquaticus non ha questa capacità di correzione, forse il calore in cui vive compie la stessa funzione.
Sul fondo vi è il sito 5' esonucleasi che in un secondo momento rimuove i primer, i piccoli frammenti di RNA che sono usati per iniziare la duplicazione del DNA.
Queste figure sono state create con RasMol. Anche voi potete creare immagini simili cliccando sui codici d'accesso e scegliendo una delle opzioni nel menù "View Structure".

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