Ossigeno Legato alla Mioglobina

Una struttura di mioglobina ottenuta successivamente, disponibile col codice d'accesso PDB 1mbo, permette di vedere l'ubicazione dell'ossigeno. L'atomo di ferro al centro del gruppo eme lega strettamente la molecola di ossigeno. Confrontate le due figure. La prima mostra solo un insieme di tubi sottili per rappresentare la catena proteica, e quindi si può vedere facilmente l'ossigeno. Ma quando, come nella seconda figura, sono rappresentati anche tutti gli atomi della proteina, l'ossigeno scompare, nascosto all'interno della struttura. Come può l'ossigeno entrare e uscire, se è totalmente circondato dalla proteina? In realtà, la mioglobina (come tutte le altre proteine) è continuamente in movimento e compie piccoli movimenti di piegamento, espansione e contrazione. Aperture provvisorie appaiono e scompaiono continuamente e permettono all'ossigeno di entrare e uscire. La struttura archiviata nel PDB è soltanto un'immagine istantanea della proteina, realizzata quando questa è in una forma ermeticamente chiusa. Osservando la struttura rigida conservata nel PDB, dobbiamo cercare di immaginare la struttura dinamica che davvero esiste in natura. Le due figure qui a lato sono state create con RasMol. Anche voi potete ottenere immagini simili cliccando sul codice di accesso PDB 1mbo, e scegliendo una delle opzioni nel menù "View Structure". Provate a visualizzare alternativamente le due immagini mostrate qui a lato per verificare che l'ossigeno è davvero sepolto all'interno di questa struttura!

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