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Responsabile:
Prof. Mauro Tonellato


MODELLISTICA MOLECOLARE
Docking Molecolare con AutoDock Vina

DOCKING su COX2

   


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Docking Molecolare significa letteralmente mandare in porto una molecola, si tratta di una simulazione al computer che calcola la posizione più conveniente che un legando (una piccola molecola organica) può assumere all'interno del sito attivo di un enzima. Se il legando non è quello naturale dell'enzima, si comporta come un inibitore competitivo e blocca temporaneamente l'attività dell'enzima. Questa tecnica è utilizzata per progettare al computer nuovi farmaci.
Oggi il programma più usato per fare Docking Molecolare è AutoDock Vina (un programma gratuito, open source, creato dal Dr. Oleg Trott del The Scripps Research Institute) che ha raggiunto la velocità e l'affidabilità di altri costosi programmi commerciali.
Per fare docking molecolare con AutoDock Vina non servono attrezzature professionali, basta un normale PC e seguire la procedura mostrata qui sotto.
Se siete insegnanti di chimica, potreste proporre ai vostri studenti un'esperienza pratica di docking molecolare nel laboratorio di informatica della scuola.
I software da scaricare sono i seguenti:
AutoDock Vina http://vina.scripps.edu/download.html (esegue il docking molecolare)
AutoDock Tools http://mgltools.scripps.edu/downloads (interfaccia grafica per preparare proteina e legando e per valutare i risultati)
Avogadro http://avogadro.cc/wiki/Main_Page (crea nuove molecole da usare come legandi)



COX2, cicloossigenasi 2, è l'enzima che trasforma l'acido arachidonico in prostaglandine mediatrici del dolore e dell'infiammazione, è il bersaglio dei FANS, farmaci antiinfiammatori non steroidei, tra i quali, i più famosi sono aspirina e ibuprofene.
Celecoxib è un farmaco antiinfiammatorio di nuova generazione.

In questa lezione f
aremo il docking di celecoxib all'interno dell'enzima COX2 (3LN1.pdb).
Confronteremo la posizione calcolata da AutoDock Vina con la posizione reale che questo farmaco assume nell'enzima ricavata dai dati di cristallografia a raggi X.
In questo modo potremo verificare l'accuratezza del docking molecolare di AutoDock Vina.
Infine faremo il docking di ibuprofene nello stesso enzima COX2 per capire quale sia il farmaco migliore.
Nella prossima lezione progetteremo un nuovo farmaco antiinfiammatorio e lo confronteremo con i farmaci commerciali.



Gli argomenti di questa lezione sono:
-- Installazione del software
-- Preparazione dei file pdb della proteina e del legando
-- Preparazione dei file pdbqt della proteina e del legando
-- Individuazione del sito di legame e scrittura del file config.txt
-- Docking
-- Valutazione dei risultati
N.B. Cliccando sulle immagini qui sotto potrete vederle in versione ingrandita.






















































fig.1



















fig. 2








Installare il software
=> Scaricate i file indicati sopra e avrete i tre file seguenti:
autodock_vina_1_1_2_win32.msi
mgltools_win32_1.5.6_Setup.exe
Avogadro-1.1.1-win32.exe
=> Installate i tre programmi.
=> Scaricate la directory COX2 che contiene i file PDB per questa lezione.
=> La directory COX2 deve essere decompressa nel disco C in modo da creare il percorso C:/COX2
=> Copiate il file Vina.exe nella directory di lavoro
(Programmi/The Scripps Research Institute/Vina.exe-------------> C:/COX2)


Preparare i file pdb della proteina e del legando

Partendo dal file 3LN1.pdb (che contiene l'enzima COX2 legato a celecoxib) dovete ottenere due file distinti, uno contenente solo la proteina che chiamerete 3LN.pdb e l'altro contenente solo il legando che chiamerete CEL.pdb.

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1) Estraete il legando celecoxib e salvatelo come CEL.pdb
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> > > Lanciate AutoDockTools partendo dall'icona sul desktop ---

> > > Impostate la directory COX2 come directory di default in AutoDockTools ---
Cliccate File => Preferences => Set
In Startup Directory scrivete => C:\COX2 premete Make Default e Set => Dismiss

> > > Aprite la proteina 3LN1.pdb ---
Pulsante destro
su All Molecules => Read Molecule
in C:/COX2 scegliete 3LN1.pdb => Apri

> > > Eliminate le catene B, C e D, lasciando solo la catena A ---
Cliccate sul triangolo a fianco di 3LN1. Compaiono le 4 catene A, B, C, D. Selezionate le catene B, C, D cliccando il quadrato a destra delle catene (colonna S, select).
Cliccate poi Edit => Delete => Delete Selected Atoms come nella figura qui sotto (fig.1). Rispondete CONTINUE e le catene selezionate saranno cancellate.
Ora cliccate sull'icona bersaglio (in alto sotto edit) per centrare la catena A nello schermo.



> > > Eliminate le molecole d'acqua ---
Edit => Delete water => Continue

> > > Salvate il legando celecoxib (CEL) contenuto nella catena A ---
Nella finestra di sinistra cliccate sul triangolo a fianco della catena A. Si apre la sequenza dei residui contenuti in A
Scorrete fino alla fine degli amminoacidi e vedrete il residuo CEL 682. Cliccate sul quadrato a destra (colonna S, select) e vedrete che gli atomi del legando si evidenziano in giallo come in fig.2.
Cliccate File => Save => Write PDB
Scrivete al posto del nome del file corrente (3LN1) il nome del legando (CEL)
c:\COX2\CEL.pdb => OK

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2) Eliminate il legando e salvate la proteina senza legando col nome 3LN.pdb
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> > > Cancellate il legando ---
Mentre il legando è ancora selezionato (giallo) cliccate su Edit => Delete => Delete Selected Atoms
=> Continue

> > > Salvate la proteina senza legando col nome 3LN.pdb ---
Cliccate File => Save => Write PDB
Scrivete al posto del nome del file corrente (3LN1) il nome della proteina con la sola catena A, senza legando e senz'acqua: 3LN.pdb
c:\COX2\3LN.pdb => OK

> > > Cancellate ora la proteina dallo schermo ---
Pulsante destro su 3LN1 nella finestra di sinistra => Delete



















fig. 3

















Fig.4



























fig. 5

Preparare i file pdbqt della proteina e del legando

I file pdb contengono informazioni sulla posizione nello spazio dei vari atomi di una molecola. Per realizzare il docking, AutoDock Vina ha bisogno di informazioni supplementari come la carica parziale, la posizione degli idrogeni polari, i legami che possono ruotare nel legando, ecc.
Queste informazioni vengono scritte in un nuovo file con formato pdbqt.

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1) Proteina. Aggiungete gli idrogeni e salvate proteina.pdbqt
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> > > Aprite la proteina 3LN.pdb ---
Pulsante destro
su All Molecules => Read Molecule scegliete 3LN.pdb => Apri.

> > > Aggiungete gli atomi di idrogeno ---
Edit => Hydrogens => Add => All => OK

> > > Salvate la proteina in formato pdbqt ---
Cliccate Grid => Macromolecule => Choose => 3LN => Select Molecule => OK
Compare una finestra (fig.3) che dice che sono stati trovati 3525 idrogeni non polari e che sono stati nascosti (merged). Ora restano solo gli idrogeni polari, quelli capaci di fare legami idrogeno.
=> OK (fig.4)
Il programma chiede di salvare la proteina così modificata come 3LN.pdbqt => OK


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2) Legando. Aggiungete gli idrogeni, determinate il numero di torsioni e salvate legando.pdbqt
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> > >
Cancellate la proteina ---
Pulsante destro su 3LN => Delete

> > > Aprite il legando CEL.pdb ---
Pulsante destro
su All Molecules => Read Molecule scegliete CEL.pdb => Apri.

> > > Aggiungete gli atomi di idrogeno a CEL ---
Edit => Hydrogens => Add => OK

> > > Scegliete CEL come legando ---
Cliccate Ligand => Input => Choose => CEL => Select Molecule for AutoDock 4 => OK
Il programma ha aggiunto le cariche parziali agli atomi in base all'elettronegatività, ha individuato 12 idrogeni non polari e li ha nascosti lasciando visibili solo quelli polari, 15 carboni aromatici, 5 legami ruotabili e ne ha scelti 5 (fig.5)

> > > Salvate il legando in formato pdbqt --
Ligand => Output => Save as PDBQT => CEL.pdbqt => Salva

> > > Cancellate CEL ---
Pulsante destro
su CEL => Delete e poi su 3LN => Delete



















fig. 6










fig. 7





fig. 8























fig. 9


Individuare il sito di legame e scrivere il file config.txt


La zona della proteina dentro alla quale AutoDock Vina cerca di fare il docking è delimitata da un cubo colorato chiamato GridBox. Il sito di legame deve essere tutto contenuto all'interno della GridBox.

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1) Determinate posizione e dimensioni della GridBox
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> > > Aprite la proteina 3LN.pdbqt e il legando CEL.pdbqt---
Pulsante destro
su All Molecules => Read Molecule => 3LN.pdbqt => Apri
Pulsante destro
su All Molecules => Read Molecule => CEL.pdbqt => Apri.

> > > Scegliete la macromolecola e il legando ---
Grid => Macromolecule => Choose => 3LN => Select Molecule => OK
(rispondete yes alla richiesta di conservare le cariche parziali già calcolate per la molecola)
Grid => Set Map Types => Ligand => Choose ligand => CEL => Select ligand

> > > Rendete il legando ben visibile per centrare più facilmente la GridBox su di lui ---
A fianco della proteina 3LN lasciate selezionato il cerchietto L (lines)
A fianco del legando CEL deselezionate il cerchietto L e scegliete il cerchietto C (atomic spheres)
Nel triangolo Cl
(color) scegliete => cpk => By atom type
Se le immagini sono poco brillanti andate nella schermata Tools (nella finestra a sinistra) e impostate i valori iniziali di fog a 142 (fig.6)

La GridBox deve essere centrata sul sito di legame, in generale questo va fatto spostandola manualmente con le tre rotelle rossa, verde e blu fino a quando il suo centro (crocetta gialla) è nel centro del sito di legame.
In questo caso il sito di legame dell'enzima è facilmente individuabile dato che 3LN.pdb conteneva un legando al proprio interno. Per centrare la GridBox sul sito di legame di 3LN è sufficiente centrare la GridBox sul legando CEL.

>>> Aprite la finestra di dialogo per generare la GridBox ---
Grid => GridBox

>>> Regolate l'unità di misura su 1 Angstrom ---
Spacing (angstrom) => 1.00

>>> Riducete le dimensioni della GridBox ---
number of points in x, y, z dimension => 20, 20, 20

>>> Centrate la GridBox sul legando ---
Center => Center on ligand
Vedrete un cubo colorato centrato sul legando con dimensioni adattate al legando (32, 20, 24)
in questo caso è preferibile allargare un po' la GridBox fino a 32, 24, 24 angstrom. (fig.7)

>>> Annotate le dimensioni della GridBox
---
size_x = 32
size_y = 24
size_z = 24


>>> Annotate i valori del Centro della GridBox approssimati ad un solo decimale ---
In questo caso i valori sono
center_x = 30.1
center_y = -22.6
center_z = -15.8


>>> Salvate la GridBox ---
File => Close saving current (fig.8)

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2) Scrivere il file config.txt
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AutoDock Vina cerca nel file config.txt le informazioni minime che riguardano il docking.

receptor = . . . nome della proteina
ligand = . . . nome del legando
center_x = . . . coordinate del centro della GridBox
center_y = . . .
center_z = . . .

size_x = . . . dimensioni della GridBox in Angstrom
size_y = . . .
size_z = . . .
out = . . . nome del file in cui AutoDock Vina pone i risultati del docking

In questo caso, dunque, il file config.txt va scritto così:

receptor = 3LN.pdbqt
ligand = CEL.pdbqt
center_x = 30.1
center_y = -22.6
center_z = -15.8
size_x = 32
size_y = 24
size_z = 24
out = 3LN_CEL_vina.pdbqt


> > > Usate copia-incolla per scrivere queste righe in Notepad o in un qualsiasi editor di testo e salvate il file col nome config_3LN_CEL.txt nella directory di lavoro C:/COX2 (fig.9) < < < < < < < < <


















fig. 10



fig. 11

Docking


Per fare il docking con AutoDock Vina, la directory di lavoro deve contenere i seguenti 4 file:

proteina.pdbqt
legando.pdbqt
config.txt
vina.exe


--- Verificate che in C:/COX2 siano presenti i seguenti file ---

3LN.pdbqt
CEL.pdbqt
config_3LN_CEL.txt
vina.exe


> > > Lanciate il docking ---
Cliccate Run => Run AutoDock Vina
Si apre una finestra di dialogo.
in Vina Program Pathname cliccate => Browse => vina.exe => Apri
In Config Filename cliccate => Browse => config_3LN_CEL.txt => Apri => Launch (fig.10)

Il processo di docking può essere più o meno lungo a seconda della potenza di calcolo del computer in uso. Con un buon computer multiprocessore questo docking richiede circa 25 secondi.
Durante il docking resta aperta una finestra di dialogo (fig.11).
Se questa finestra si apre e si chiude subito, allora avete compiuto qualche errore. Verificate per prima cosa la correttezza dei nomi dei file scritti in config_3LN_CEL.txt. Ricordate che i nomi dei file e delle directory non devono mai contenere spazi.















fig. 12
































fig.13











Valutare i risultati

Per valutare la bontà del docking, bisogna caricare le molecole del legando nella posizione calcolata da AutoDockVina che vengono dette pose. Il programma dà a ciascuna posa un punteggio che esprime l'intensità (in kcal/mol) dell'interazione legando-proteina. Poi è utile osservare il legando all'interno della tasca del sito di legame per valutare se la riempie completamente, infine è opportuno osservare il legando circondato dagli amminoacidi della tasca, per vedere meglio l'interazione di ogni amminoacido col legando.

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1) Osservate le pose migliori in confronto con il legando originale
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> > > Caricate il file che contiene i risultati del Docking ---
Analize => Dockings => Open Autodock Vina Results => 3LN_CEL_vina.pdbqt => Apri => Single molecule whith multiple conformations => OK (fig.12).
Il programma ha caricato una nuova molecola 3LN_CEL_vina che contiene 6 diverse conformazioni calcolate da AutoDock Vina, e consente di vederle in sequenza dalla migliore (-12.5 kcal/mol) alla peggiore (-9.7 kcal/mol) premendo freccia a destra o a sinistra.

> > > Osservate le pose calcolate da AutoDock Vina in confronto al legando originale ---
Su 3LN spegnete il cerchietto L per disattivare la vista a linee. La proteina sparisce dallo schermo.
Su CEL accendete solo il cerchietto B per vederlo con Sticks and Balls.
Inoltre, nella colonna Cl cliccate Balls, Sticks, Carbon only => By residue type (oppure verde)
CELL avrà i carboni verde chiaro
Su 3LN_CEL_vina accendete solo il cerchietto B per vederlo con Sticks and Balls.
Inoltre, nella colonna Cl cliccate Balls, Sticks, Carbon only => Custom color (arancione)
3LN_CEL_vina avrà i carboni arancione. Se lo vedete un po' scuro, alzate il valore di inizio di fog nella finestra Tools.

Ora vedrete nello schermo il legando originale CEL (verde) e il legando posizionato da Vina (arancione) con l'indicazione dell'energia di interazione proteina-legando, in questo caso -12,5 kcal/mol. (fig.13).
Questa è la migliore delle sei pose trovate. Per vedere le altre usate la freccia destra e sinistra, se l'immagine sparisce riaccendete il cerchietto B.

La posa migliore calcolata da AutoDock Vina (arancione) si sovrappone in modo quasi perfetto al legando originale (verde) tranne che per un minimo slittamento verso destra.



Fig.14



Fig.15




Fig.16






















































Fig.17























Fig.18

















Fig.19-a




































Fig.19-b

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2)
Osservare il legando all'interno della tasca del sito attivo

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Cancellate il legando originale CEL.
Create la superficie molecolare della proteina (cerchietto MS).
Colorate la superficie secondo la polarità: triangolino Cl, cliccate su MSMS-MOL e poi cliccate su By polarity (fig.14)
Per otterrete l'immagine mostrata qui sotto cliccate su Tools e poi cliccate su F (front) e sul terzo riquadro (poligoni ombreggiati), poi su B (back) e sul secondo riquadro (poligoni a rete) (fig.15).
Regolate ClipZ (in basso nella finestra Tools) tra 19 e 32 per togliere dalla vista le porzioni della superficie anteriori e posteriori alla tasca.



Otterrete la struttura mostrata qui sopra (fig.16) nella quale si può vedere molto bene che il farmaco celecoxib riempie la tasca dell'enzima in modo ottimale.
In alto il gruppo CF3 si colloca in una zona apolare a sinistra (bianca), ma basica sul fondo (blu).
A destra la solfonammide SO2NH2 si avvicina con gli ossigeni ad una zona leggermente basica sul fondo (blu), ma verso di noi avvicina il gruppo NH2 ad una zona leggermente acida (rossa) non visibile da questa inquadratura.
In basso il gruppo CH3 entra in una zona che è sostanzialmente apolare (bianca), ma ha zone leggermente acide (rosse) ai lati.
(Ricordiamoci di questo particolare quando progetteremo una variante più efficace di questo farmaco nella prossima lezione!).

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3) Creare un'animazione
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Nel menù 3D Graphics => Spin Bounce Oscillate => Rock angle 60 => Bounce
Nel menù 3D Graphics => Video Recorder; usate i tasti per iniziare e fermare la registrazione
Dovreste ottenere un'animazione simile a questa COX2-CEL_rete.mpg


Un altro modo di valutare l'interazione legando-proteina è osservare il legando e gli amminoacidi che lo circondano nel sito di legame. In questo modo si possono valutare meglio le interazioni polari o apolari con i singoli amminoacidi.

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4) Osservare il legando circondato dagli amminoacidi del sito attivo
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> > > Cancellate ogni molecola presente ---
> > > Caricate la posa migliore ---
Analize => Dockings => Open Autodock Vina Results => 3LN_CEL_vina.pdbqt
> > > Caricate la proteina 3LN.pdbqt ---
> > > Rappresentate il legando con sfere --- (cerchietto C)
> > > Aggiustate il valore iniziale di fog --- (in Tools) otterrete l'immagine qui sotto (fig.17)



Dato che l'immagine è troppo confusa, eliminate dalla proteina tutti gli amminoacidi ad eccezione di quelli che sfiorano il legando.

> > > Selezionate il legando --- (cerchietto S)
> > > Selezionate gli amminoacidi vicini al legando ---
Select => Select spherical region => 5 angstrom => Center spherical region on current selection
Cliccate su select , close. (fig.18)
Select => Set selection level > Residue (sono selezionati legando e AA vicini)
Select => Invert selection => all => OK (è selezionato tutto fuorchè legando e AA vicini)
Edit => Delete => Delete selected atoms => Continue (restano solo legando e AA vicini)

> > > Salvate gli AA vicini col nome AA ---
Selezionate gli amminoacidi (quadratino S a fianco di 3LN) => File => Save => Write PDB => Cambiate il nome della selezione scrivendo AA al posto di 3LN => OK
Cancellate ora 3LN e caricate AA
Rappresentate gli amminoacidi con Sticks and Balls (cerchietto B)
Colorateli in modo che siano ben riconoscibili
Triangolino Cl => All rappresentations => Carbon only => by residues type (Shapely)
Otterrete l'immagine qui sotto (fig.19-a)



Questa immagine ci fornisce informazioni solo su un lato della tasca, per questo è utile osservare anche il lato opposto (fig.19-b).



In alto, vicino al gruppo CF3, si vedono due leucine (verdi scure, apolari) e una valina (verde chiaro, apolare), ma sul davanti in questa seconda immagine si vede una arginina (blu) e una tirosina (beige), molto più polari (vedremo più avanti che con questi due amminoacidi interagisce il carbossile dell'ibuprofene).
Vicino agli ossigeni del gruppo SO2NH2, sulla sinistra di fig.19-b, si vede una arginina (blu), e una istidina (azzurra) mentre vicino all'NH2 dello stesso gruppo, sulla destra di fig.19-a, si vedono gli ossigeni del carbossile di una serina (arancione), di una leucina (verde) e di una glutammina (rosa).
In basso, vicino al gruppo CH3, ci sono gruppi apolari: una metionina (gialla), una fenilalanina (marrone), una leucina (verde scuro), un triptofano (marrone). Vicino al CH3, nella figura 19-a sulla sinistra, si vedono, però, anche gruppi polari: una tirosina (beige) e una seina (arancione).

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5) Creare un'animazione
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Nel menù 3D Graphics => Spin Bounce Oscillate => Rock angle 120 => Bounce
Nel menù 3D Graphics => Video Recorder; usate i tasti per iniziare e fermare la registrazione
Dovreste ottenere un'animazione simile a questa COX2-CEL_AA



































































Fig.20























































Fig.21













































Fig. 22


Docking con ibuprofene

Per eseguire il docking con un altro farmaco antiinfiammatorio, la procedura è più breve perchè 3LN.pdbqt, GridBox, config.txt sono già pronti, basta preparare il legando e adattare il file config.txt ai nuovi dati.

>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 1) Preparare il file legando.pdbqt
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Cancellate ogni molecola dal programma
Aprite il file dell'ibuprofene IBP.pdb che si trova nella directory di lavoro COX2
Aggiungete gli idrogeni (Edit => Hydrogens => Add => All)
Trasformate IBP in un legando (Ligand => Input => Choose => IBP => Select Molecule for AD4)
Salvate IBP.pdbqt (Ligand => Output => Save as PDBQT => Salva)

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2) Preparare il file config.txt
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Usando Notepad sostituite IBP al posto di CEL nel vecchio config.txt preparato prima, poi salvate il file con il nome config_3LN_IBP.txt

receptor = 3LN.pdbqt
ligand = IBP.pdbqt
center_x = 30.1
center_y = -22.6
center_z = -15.8
size_x = 32
size_y = 24
size_z = 24
out = 3LN_IBP_vina.pdbqt


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3) Lanciate il nuovo docking
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Run => Run AutoDock Vina => individuate i file Vina.exe e config_3LN_IBP_txt => Launch
Il docking termina in circa 8 secondi

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4) Valutare i risultati del docking
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Analize
=> Dockings => Open Autodock Vina Results => 3LN_IBP_vina.pdbqt => Apri => Single molecule whith multiple conformations => OK
Cancellate il legando IBP
Aprite il legando CEL, cioè il celecoxib originalmente presente nel sito di legame
Rappresentate entrambi i legandi con Sticks and Balls
Colorate 3LN_IBP di rosa (balls, sticks, carbons only, custom color, rosa)
Colorate CEL di verde (balls, sticks, carbons only, custom color, verde)
Qui sotto (fig.20) si vede la posa dell'ibuprofene (rosa) sovrapposta a quella del celecoxib (verde)



Notate il valore dell'interazione: -7,6 kcal/mol, molto più basso di quello del celecoxib.
Questo valore va interpretato con molta prudenza perchè ci dà un'idea solo dello stato finale del processo di interazione proteina-legando, ma non ci racconta l'energia di desolvatazione, nè tiene conto dell'entropia, inoltre è logico che una molecola più grande dia una interazione maggiore perchè è maggiore la superficie di contatto, ma una molecola più grande ha anche maggiori interazioni col solvente prima di entrare nel sito di legame.
In ogni caso si nota che ibuprofene occupa una zona più limitata della tasca enzimatica, mentre celecoxib si estende anche nella zona a destra. Questo significa che celecoxib è un farmaco più selettivo perchè ha bisogno esattamente di una tasca di questa forma e dimensione per legarsi, mentre ibuprofene, essendo una molecola più piccola, può entrare sia in tasche così grandi, ma anche in quelle più piccole dalle quali celecoxib è escluso.
Per esempio, l'enzima cicloossigenasi 1 (COX1) ha una tasca più piccola di COX2 e ibuprofene può legarsi ad entrambi gli enzimi, mentre celecoxib è specifico per COX2.
Bloccare l'azione delle COX2 significa fermare il dolore e l'infiammazione che sono mediati dalle prostaglandine che questo enzima produce.
Bloccare l'azione delle COX1 significa impedire l'aggregazione piastrinica e il controllo della produzione di HCl nello stomaco, che sono mediati dalle prostaglandine prodotte da COX1.
Sono proprio questi i principali effetti collaterali dei farmaci antiinfiammatori che colpiscono non solo le COX2, ma anche le COX1.

La rappresentazione dei due legandi all'interno della tasca di legame dell'enzima COX2 ci può raccontare molto di più (fig.21).
Notiamo in basso che ibuprofene colloca i due gruppi CH3 del gruppo isobutilico dove celecoxib ne mette uno solo.



Create un animazione basata su quet'immagine
Nel menù 3D Graphics => Spin Bounce Oscillate => Rock angle 60 => Bounce
Nel menù 3D Graphics => Video Recorder; usate i tasti per iniziare e fermare la registrazione
Dovreste ottenere un'animazione simile a questa COX2-IBP-CEL

Infine nell'immagine qui sotto (fig.22) vediamo l'ibuprofene circondato dagli amminoacidi che lo sfiorano nella tasca di legame di COX2. L'immagine è leggermente ruotata per mettere in evidenza l'interazione del carbossile di ibuprofene, in alto, con due dei tre gruppi amminici (blu) dell'arginina sul davanti e, in minor misura, con il gruppo OH (rosso) della tirosina (beige).
Notate, sulla sinistra, la struttura completamente bianca che sporge dall'ibuprofene: è il celecoxib che riempie anche quel settore della tasca di legame.



Nella prossima lezione impareremo a progettare nuovi legandi e, sottoponendoli al docking molecolare, impareremo a valutare la loro capacità di interagire con l'enzima. Potrete sfidare le grandi case farmaceutiche scoprendo nuovi farmaci per combattere qualcuna delle malattie che ancora oggi non hanno una cura.


Autore: prof Mauro Tonellato







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